Dès le début des années 1970, Pierre Dansereau s’implique dans l’administration de centres de recherche universitaires. Le 4 mai 1971, suite à des pourparlers de près d’un an, l’Université de Montréal, l’Université du Québec à Montréal (UQAM) et la Ville de Montréal s’unissent pour créer conjointement le Centre de recherches écologiques de Montréal (CREM). Pierre Dansereau devient le premier directeur scientifique de ce centre situé au Jardin botanique de Montréal. Le CREM est un lieu de recherche interdisciplinaire étudiant les impacts du développement humain dans certains écosystèmes, notamment à la Baie James dans un projet de développement hydroélectrique. Cependant, la plus grande réalisation du CREM sous la direction de Pierre Dansereau demeure le projet d’étude écologique de la zone de l’aéroport international de Montréal (EZAIM), un des premiers grands projets d’impacts écologiques à être réalisé au Québec, soit à Sainte-Scholastique (aujourd’hui Mirabel).
En décembre 1973, tous les membres de l’UQAM travaillant au CREM, notamment Pierre Dansereau, sont rapatriés à l’Université. Le mandat du centre est revu et son appellation modifiée pour Centre de recherche en sciences de l’environnement (CERSE). Pierre Dansereau sera le directeur des programmes de ce centre de recherche jusqu'en 1976. Le CERSE, tout comme le CREM, poursuit les mêmes objectifs de promotion d’une recherche interdisciplinaire.
L’approche interdisciplinaire que préconise Pierre Dansereau est aussi fortement présente à l’Institut des sciences de l’environnement créé en 19901 par l’UQAM, institut qui se définit notamment comme « un lieu de concertation et de coordination interdisciplinaires »2. À l’intérieur de cet institut, Pierre Dansereau dirige jusqu’en 2004, le Laboratoire Pierre Dansereau pour l’étude des écosystèmes et l’aménagement du territoire.
Dès la création en 2001 de la Chaire de recherche du Canada en éducation relative à l’environnement, l’écologiste y est impliqué à titre de chercheur émérite. Le lancement de la traduction portugaise de l’ouvrage La Terre des hommes et le paysage intérieur de Pierre Dansereau constitue, d’ailleurs, la première activité de cette chaire.
1 http://www.uqam.ca/distinctions/honorifiques/dansereau_com.htm, (consulté le 9 octobre 2008).
2 http://www.ise.uqam.ca/info.php, (consulté le 15 octobre 2008).